然而，由于被害人提供的关键物证被意外丢失，加之史姓家族的势力大，族人、亲属大肆包庇，恫吓目击证人使之不敢作证，以及被害人小妮年龄尚小，对受害情节陈述不清等原因，给该案的侦查工作带来了很大的困难。
看到公安机关的证据不足，"六史"中的首要罪犯史刚正不但拒不认罪，还与另外五名罪犯串供，致使除史自立以外的其他"四小史"翻供。
1994年3月，宝丰县人民检察院将此案移送到平顶山市检察院。市检察院受理此案后，两度因证据不足将案卷退回公安机关补充侦查，但收效甚微。
由于证据不足，1993年4月，史刚正、史自立等人得以取保候审。
"二史"取保候审后的当天，就在村里高声大骂："老子们又出来了，整你白整你！"之后，"二史"丧心病狂地报复。他俩五次窜入小妮的家中，持刀轮奸小妮，小妮稍有不从，他们便用镰刀对其乱砍。
1997年5月，新华社河南分社记者从有关部门了解到这起拖了五年之久、在群众中引起强烈公愤的特大恶性强奸、轮奸幼女案后，开展了采访调查。经过艰难的访查，记者先后向最高人民检察院、全国妇联、河南省委发出新华社音像内参《深山奇冤》。内参立即引起各级领导的高度重视。此案最终才得以真相大白，史家"六虎"终于受到了法律的严惩。