到了现在，美琴已经不再对得救抱有希望。对自己的回忆已经托付给了该托付之人，而死法也已经选好，再没有什么可牵挂的了。但不能与双亲与昔日的朋友告别，还是觉得很遗憾，也许在行动之前就应该预料到会有今天的结果，应该预先写好一封遗书一样的信，藏在宿舍的某个地方。如果说还有什么令她难以割舍的事物，那就是御坂妹妹。自己这个不自量力的“姐姐”想要救她们而失败了，即将与她们一同死去。真是对不起她们啊……
美琴怔怔地想着，几颗泪珠顺着脸颊缓缓淌了下来。
到了十一点钟，美琴才终于睡着了。她做了一个梦，梦见了学园都市的街道。整条街空无一人，使她想起和9982号相遇的那个黄昏。那天是多云天气，天空中光影交错。地上积着水，形成一个个大小不等的水洼，看来刚刚下过雨，但随即便放睛了，空气中弥漫着清新的水汽。
有人从人行道的另一端走来，一共四个。她辩认出那是黑子、初春和佐天，而中间的那个则是……自己。她屏住呼吸，目光追随着越来越走近的四个人。她们并肩从她的身旁走过，视线没有随之转移一忽。即使素不相识，经过时至少也该看一眼才正常，但她们却没有。她们没有看到自己，美琴从佐天的瞳孔中看出了这一点。
她目送四个人消失在街道的尽头。
四人离去之后，美琴独自一人四下环顾这条无人的街道。这条街道，自己，地上的水洼，空气，仿佛都被人遗忘了似的。
忽然，她的目光捕捉到前面街角处匆匆跑过的一个少年，尽管只有一两秒，而且对方没有转头，但从那身影和熟悉的刺猬头，美琴清晰地认出了他是上条当麻。也许是迟到了正急着赶往学校，也许是在拯救别人的路上。梦中的美琴释然了，脸上透出了不易察觉的、如同自己在生命尽头躺进棺木中的安宁的微笑。
四
过了两天之后，绢旗问起美琴，麦野漫不经心的答道：“噢，前几天用刑的时候不小心折腾死了。本来只是用的一点小小的刑罚，可没想到她的身体那么虚弱，稍稍折磨一下就受不了了。尸骨已经交由北川处理，现在大概已经进了垃圾桶了。既然她已经死了，继续呆在这儿就没有意义，这几天就准备回原来的据点吧。”
但北川并没有将美琴的尸体扔进垃圾桶。
那天麦野叫北川到地下室里，让他处理美琴的尸体。北川一言不发，默默将地板上美琴的尸体装进黑色的睡袋里，走出了别墅的房门。
这个散发着钢铁气息的学区中有一座处理动物尸体的巨型电子炉。在电子炉前，北川坐到地上，打开了包裹着美琴尸身的睡袋。在独自一人的时候，他要再仔细看看她。
御坂美琴的确已经死了，她那伤痕累累的胸脯不再有呼吸的起伏，手按在她心房位置上也感觉不到跳动。她的面庞如同那天北川到地下室里看到的一样，仿佛现在仍然只是由于虚弱而昏睡了过去。她脸上的表情显得非常痛苦，使得北川不由得想要帮助她，然而无从谈起。
到底是将她在炉中烧成灰之后再埋葬，还是就这么埋下去？北川闭上眼睛，想像了一下美琴的尸身在泥土下面爬满蛆虫的样子，不由得不寒而栗，经过片刻的犹豫，还是决定让她在火中化为灰烬更好，那也是美琴的选择。
早在地下室那场经历后的第二天，北川就预先买好了骨灰盒。并且选好了美琴的葬身之地。第二十一学区的山岳地带，那里是学园都市为数不多的还保留着自然风景的地方。
出门是还是阴天，乘电车来到二十一学区时，天已转睛。
北川用预先准备好的小锹，一锹一锹地挖出带有草根的湿润的泥土，想到这泥土下面就是美琴的长眠之所，北川不由得感到一阵莫名的颤栗。为了不被人发现而遭打扰，北川想将美琴葬得深些，只到挖到一米多深，才将骨灰盒放了进去。
填好土之后，北川站起身。澄明蔚蓝的天空如同空中的大海，白云犹如地球仪上各大陆的版块。望着这样的天空，北川空良深深透了口气。对他而言，这不是结束，而是开始。
又过了些日子，还是在这片草地上，一群鹪鹩聚集在一起搏斗，在浅蓝色的苦艾丛中斗出一块幽会的地方。过了不久，仍旧是在这里，一丛乱蓬蓬的老苦艾下面的一个土墩里，母鹪鹩生了九只蓝灰色的蛋，它趴在这些蛋上，用自己身上的温暖孵化着它们，用灿烂夺目的翅膀保护着它们。
番外：御坂之魂
即使在下雨天，实验依然在进行着。
御坂妹妹躺在街道上的积水中，破碎的护目镜和F2000的零件散落在一旁，镜片在雨珠的击打下闪烁着水光。雨丝打在御坂妹妹已经没有知觉的身体上，以及她身下被雨水稀释成淡红色的血泊中。在远处，小巷的尽头，一个削瘦的白发少年双手插在兜里，正慢条斯理地向远处走去。